MuCommander to bardzo elastyczna aplikacja. Każda funkcja jest dostępna w wielu oknach z wieloma zakładkami i skrótami klawiaturowymi. MuCommander umożliwia przeglądanie lokalnych plików, a także dostęp do zdalnych zasobów na serwerach FTP, SFTP, SMB, NFS, Amazon S3, Hadoop HDFS i WebDAV.
Dzięki Bonjour zasoby można znaleźć w sieci lokalnej. Ten program może zapamiętać wiarygodność źródeł zewnętrznych. Możesz użyć MuCommandera do przeglądania pakietów ZIP, RAR, 7z, TAR, GZip, BZip, LST, AR, DEB oraz obrazów ISO i NRG. Archiwa zip można edytować natychmiast, bez opróżniania lub ponownego ładowania.