Comme tous les programmes modernes de ce type, F-Secure Anti-Virus dispose d'un moteur interne qui analyse les fichiers et les e-mails en temps réel à la recherche de virus, vers et logiciels espions (appelés logiciels génériques).
Le programme détecte les virus connus en fonction des signatures de rootkit mises à jour et effectue des analyses détectables pour les virus nouveaux et inconnus. La base de données des signatures de virus est mise à jour automatiquement et de manière transparente pour les utilisateurs qui minimisent la charge réseau. Les identifiants sont signés numériquement pour garantir l'exactitude.